Bioinformatica (9 CFU) a.a 2014/2015

Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria biomedica, Sapienza Università di Roma

Prof.ssa Paola PACI e Prof. Lorenzo FARINA

·        Cos’è la bioinformatica?

·        Le tecnologie informatiche per la biomedicina (video)

Programma del Corso

Elementi di genomica: organizzazione del genoma, replicazione, trascrizione e traduzione, splicing alternativo, RNA codificanti e non codificanti, meccanismi di regolazione genica. Elementi di programmazione: ambiente R e Matlab. Bioinformatica: database biologici, ontologie. analisi di sequenze, algoritmi di allineamento, biotecnologie e next-generation sequencing.

Materiale didattico

·         Introduzione al corso (zip)

·         Cenni di statistica di base (zip) e t di Student (zip)

·         Introduzione a R (zip)

o   history-lessons 1 e 2 (zip)

o   History lesson 3 (zip) e History lesson 4 (zip)

o   Altre nozioni di R (zip)

o   altro materiale su R (zip)

o   Esercitazione R (I) (zip)

o   Esercitazione R (II) (zip)

o   Introduzione all’analisi dei dati di microarray in R (zip)

·         Introduzione a Matlab (zip)

o   espressioni regolari (zip)

o   cell array (zip)

o   analisi statistica (zip)

o   test del chi quadro (zip)

·         Lezioni Prof. Macino:

o   Lezione 1  (zip)

o   Lezione 2  (zip)

o   Lezione 3  (zip)

o   Lezione 4  (zip)

o   Lezione 5  (zip)

o   Lezione 6 (zip)

o   Lezione 7 (zip)

o   Lezione 8 (zip)

o   Codice genetico (zip)

·         Banche dati biologiche I (zip)

·         Banche dati biologiche II (zip)

·         Banche dati biologiche III (zip)

·         Banche dati biologiche IV (zip)

·         Identificativi e ontologie (zip)

·         Genome browser (zip)

·         Trascrittoma e microarray (zip)

·         Sequenziamento di nuova generazione: lezione (zip) ed articoli (zip)

Dati sperimentali

·         Tumore al seno (breast cancer):  cellule normali (zip) e cellule cancerose (zip)

·         TCGA barcodes (zip)