Bioinformatica (9 CFU) a.a. 2015/2016

Link al corso per l’a.a. 2014-2015

Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria biomedica, Sapienza Università di Roma

Prof.ssa Paola PACI e Prof. Lorenzo FARINA

·        Cos’è la bioinformatica?

·        Le tecnologie informatiche per la biomedicina (video)

Programma del Corso

Elementi di genomica: organizzazione del genoma, replicazione, trascrizione e traduzione, splicing alternativo, RNA codificanti e non codificanti, meccanismi di regolazione genica. Elementi di programmazione: ambiente R e Matlab. Bioinformatica: database biologici, ontologie. analisi di sequenze, algoritmi di allineamento, biotecnologie e next-generation sequencing.

Materiale didattico

·         Introduzione al corso (zip)

·         Cenni di statistica di base (zip) e t di Student (zip)

·         Programmazione R

o   Manuale R (zip)

o   Introduzione su sintassi e oggetti (esercitazione) (zip)

o   Introduzione alla statistica descrittiva (esercitazione) (zip)

o   Informazioni per esercitazione R, predizioni di targetscan e test di arricchimento (zip)

§  file di input (zip)

o   Targetscan e arricchimenti (esercitazione) (zip)

o   test di arricchimento funzionale di una lista di geni (esercitazione) (zip)

o   come ottenere e processare dati grezzi di microarray (esercitazione) (zip)

·         Programmazione Matlab

o   Introduzione a Matlab (zip)

o   espressioni regolari (zip)

o   cell array (zip)

o   analisi statistica (zip)

o   test del chi quadro (zip)

o   t-test (zip)

·         Lezioni Prof. Macino:

o   Lezione 1  (zip)

o   Lezione 2  (zip)

o   Lezione 3  (zip)

o   Lezione 4  (zip)

o   Lezione 5  (zip)

o   Lezione 6 (zip)

o   Lezione 7 (zip)

o   Lezione 8 (zip)

o   Codice genetico (zip)

o   Replicazione del DNA (zip)

o   Ciclo cellulare (zip)

o   Comunicazione cellulare (zip)

·         Banche dati biologiche I (zip)

·         Banche dati biologiche II (zip)

·         Banche dati biologiche III (zip)

·         Banche dati biologiche IV (zip)

·         Banche dati biologiche V (zip)

·         Banche dati biologiche VI (zip)

·         Identificativi e ontologie (zip)

·         Genome browser (zip)

o   Esercitazione 1 (zip)

o   Esercitazione 2 (zip)

·         Trascrittoma e microarray (zip)

·         Sequenziamento di nuova generazione: lezione (zip) ed articoli (zip)

Testo consigliati per gli argomenti di biologia molecolare:

George Plopper 
PRINCIPI DI BIOLOGIA DELLA CELLULA 
1a edizione italiana condotta sulla 2a edizione americana 
http://www.zanichelli.it/ricerca/prodotti/principi-di-biologia-della-cellula

Bruce Alberts 
L’ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA – 4a edizione 
http://www.zanichelli.it/ricerca/prodotti/l-essenziale-di-biologia-della-cellula 

Dati sperimentali

·         Descrizione dei dati sperimentali (zip)

·         Tumore al seno (breast cancer):  cellule normali (zip) e cellule cancerose (zip)

·         Tumore al seno (breast cancer):  microRNA di cellule normali (zip) e microRNA di cellule cancerose (zip)

·         TCGA barcodes (zip)