Bioinformatica (9 CFU) a.a. 2016/2017

Link al corso per l’a.a. 2014-2015
Link al corso per l’a.a. 2015-2016

Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria biomedica, Sapienza Università di Roma

Prof.ssa Paola PACI (responsabile del corso Prof. Lorenzo FARINA)

·        Cos’è la bioinformatica?

·        Le tecnologie informatiche per la biomedicina (video)

Programma del Corso

Elementi di genomica: organizzazione del genoma, replicazione, trascrizione e traduzione, splicing alternativo, RNA codificanti e non codificanti, meccanismi di regolazione genica. Elementi di programmazione: ambiente R e Matlab. Bioinformatica: database biologici, ontologie. analisi di sequenze, algoritmi di allineamento, biotecnologie e next-generation sequencing.

Materiale didattico

Il materiale verrà aggiunto di volta in volta durante il corso.

Lezioni

·         Introduzione (zip)

·         Argomenti di biologia molecolare cellulare (Prof. Macino) (zip)

·         Introduzione alle banche dati (zip) e banche dati biologiche (zip)

·         Banche dati biologiche – NCBI.  Parte I (zip), II (zip) e III (zip)

·         Banche dati biologiche – DDBJ (zip)

·         Banche dati biologiche – GO e KEGG (zip)

·         Banche dati biologiche – UCSC genome browser (zip)

·         Banche dati biologiche – UCSC table browser (zip)

·         Banche dati biologiche – TargetScan (zip) e RNAi (zip)

·         Statistica: introduzione (zip), test del chi quadro (zip), FIDEA (zip)

·         Introduzione a Matlab (zip)

·         Matlab: Cell arrays (zip)

·         Matlab: Espressioni regolari (zip)

·         Matlab: Statistica. Toolbox (zip) e Ttest (zip)

·         Microarray (zip) e Next Generation Sequencing (zip)

 

Esercitazioni

·         Banche dati – NCBI (zip)

·         Banche dati – UniProt (zip)

·         Banche dati – UCSC (zip)

·         Banche dati – TargetScan (zip)

 

 

Testo consigliati per gli argomenti di biologia molecolare cellulare:

George Plopper 
PRINCIPI DI BIOLOGIA DELLA CELLULA 
1a edizione italiana condotta sulla 2a edizione americana 
http://www.zanichelli.it/ricerca/prodotti/principi-di-biologia-della-cellula

Bruce Alberts 
L’ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA – 4a edizione 
http://www.zanichelli.it/ricerca/prodotti/l-essenziale-di-biologia-della-cellula 

Dati sperimentali

·         Descrizione dei dati sperimentali (zip)

·         Tumore al seno (breast cancer):  cellule normali (zip) e cellule cancerose (zip)

·         Tumore al seno (breast cancer):  microRNA di cellule normali (zip) e microRNA di cellule cancerose (zip)

·         TCGA barcodes (zip)